Die Primärsysteme der angebundenen Partner sind über verschlüsselte Verbindungen (VPN-Tunnel, Virtual Private Network) an die im Rechenzentrum des Universitätsklinikums Heidelberg betriebene PEPA angebunden.

Die PEPA-Infrastruktur wurde in einem separaten Netzbereich geschützt durch ein Firwall-Konzept aufgebaut. Alle nötigen Softwaresysteme laufen dort zur Gewährleistung einer maximalen Daten- und Ausfallsicherheit in einer virtualisierten Umgebung (VMWare Cluster).

IHE-basierte Ansätze haben sich mittlerweile national und international bewährt. Aus diesem Grund hat sich das Universitätsklinikum Heidelberg für eine standardbasierte Architektur entschieden. Innerhalb der PEPA sind diverse IHE-Profile umgesetzt (z.B. PIX, PDQ, XDS, XDS-I, HPD, CT, APPC, XUA)

Für die komponentenbasierte Umsetzung der PEPA wurden die Firmen ICW AG und Chili GmbH ausgewählt. Die Aktenkomponenten der ICW AG und die Bildkomponenten der Chili GmbH setzten früh auf einen IHE-basierten Ansatz.